La Ermita de San Sebastián aparece en los primeros repartimientos de tierras que llevan a cabo las Reyes Católicos en 1485 tras la conquista de Alhaurín. En la misma se venera la imagen de San Sebastián, patrón de Alhaurín, que le da nombre y también desde tiempo inmemorial se venera y da culto a la imagen de Nuestro Padre Jesús Nazareno.

Se trata de un edificio de planta rectangular rematada con ábside, en la que el presbiterio se encuentra en una posición elevada. Cuenta con dos sacristías laterales, una de las cuales se encuentra destinada a almacén y Sala de Juntas sobre la nave central se encuentra la planta que fue construida en 1.978 y en la que se ubica actualmente la sede de la banda de música de la Hermandad.

En 1995 siendo Hermano Mayor Santiago Carnero, se procedió a ejecutar obras de reconstrucción y remodelación de la capilla, procediéndose al picado y nuevo enfoscado de la paredes, pulimento de la solería de mármol, apertura y decoración de los nichos para la ubicación de Maria Stma, y Jesús Resucitado, colocación de nuevos adornos de estuco y dorado de los mismo, pintado y dorado del retablo y camarín de Nuestro Padre Jesús, arreglo de la sacristía, reparación de la cubierta de sacristía y ermita y en definitiva una restauración y remozado general de todo el edificio, con colocación de dos pinturas murales flanqueando el presbiterio alusivas a una caída de Jesús con la Cruz y a la Resurrección.

En la sacristía de la Ermita podemos encontrar una lápida funeraria de 1821 de D. Batolomé Costello y Fallón, nacido en 1776, hijo de Bartolomé Costello, natural de la Baronía de Costello, en Irlanda. La referida lapida estuvo ubicada hasta la Guerra Civil en el suelo de la Ermita a los pies del Altar.